Characteristics of Escherichia coli Isolated from Intestinal Microbiota Children of 0–5 Years Old in the Commune of Abomey-Calavi

Abstract

Escherichia coli est une bactérie commensale et l'une des premières bactéries à coloniser le tube digestif des nouveau-nés après la naissance. Il se caractérise par une grande polyvalence et une flexibilité métabolique qui permet sa survie dans différentes niches. La présente étude vise à analyser la diversité des souches d'E. coli isolées du microbiote intestinal d'enfants âgés de 0 à 5 ans dans la commune d'Abomey-Calavi au Bénin. Pour cela, une étude transversale descriptive et analytique a été menée. Au total, 135 échantillons de selles ont été collectés à la clinique pédiatrique d'Abomey-Calavi. Les analyses microbiologiques ont été effectuées selon les techniques d'analyse microbiologique standard. La caractérisation moléculaire d'E. coli a été réalisée en recherchant huit gènes (dinB, icdA, pabB, polB, putP, trpA, trpB et uidA) à l'aide de la technique PCR. Les résultats ont montré que le taux de charge moyen sur les échantillons de selles était de 3,74 × 107 CFU/g pour le TAMF. Au total, 7 espèces de bactéries ont été identifiées dans des proportions différentes : Staphylococcus spp (55,36 %), E. coli (14,29 %), Klebsiella ornithinolytica (12,5 %), Serratia odorifera (5,36 %) et Enterobacter aerogenes (5,36 %). Il est intéressant de noter que les E. coli isolés présentaient une résistance de 100 % au céfotaxime et à l'aztréonam. De plus, des résistances de 95,24 % et 50 % ont été observées respectivement contre l'érythromycine et l'acide nalidixique. La caractérisation moléculaire des souches isolées d'E. coli nous a permis de découvrir une autre variation moléculaire au sein des souches isolées. Les gènes codant pour les enzymes isocitrate déshydrogénase (icd) et ADN polymérase II (polB) ont été détectés à 96,30 % dans les souches isolées d'E. coli. De plus, les gènes codant pour les enzymes bêta-D-glucuronidase (uidA) et ADN polymérase (dinB) ont été détectés à 88,89 % dans les souches isolées d'E. coli. Il est intéressant de noter que 81,48 %, 85,19, 92,59 % et 100 % des souches isolées d'E. coli exprimaient les gènes codant pour les enzymes sous-unité A de la tryptophane synthase (trpA), proline perméase (putP), p-aminobenzoate synthase et sous-unité B de la tryptophane synthase (trpB), respectivement. La diversité des souches d’E. coli reflète l’importance des mécanismes de régulation dans l’adaptation des bactéries au microbiote intestinal.